I progressi di gioco vengono salvati automaticamente nei momenti chiave della modalità giocatore singolo: al termine di un combattimento, all'inizio di un nuovo atto, al salire di livello di un personaggio, a seguito di un acquisto e così via. Non è possibile salvare più di quattro volte al minuto.

Ogni profilo Nintendo può ospitare fino a 4 slot di salvataggio in modalità STORIA. È possibile visualizzare gli slot di salvataggio selezionando STORIA nel menu principale (la prima voce a partire dall'alto). Ogni slot di salvataggio mostra l'atto raggiunto e il livello del personaggio. Ogni slot di salvataggio può essere eliminato seguendo le istruzioni che appariranno sullo schermo (premere +). Se il giocatore seleziona un diverso profilo Nintendo (nel sistema o all'inizio del gioco), gli slot di salvataggio verranno sostituiti con quelli del profilo selezionato. La finestra di selezione del profilo Nintendo che appare all'inizio del gioco può essere disabilitata nelle impostazioni di sistema.