シングルプレイヤーモードでは、戦闘の終了時、新しい章の開始時、キャラクターのレベルアップ時、装備の購入時などの、重要なポイントで自動的にセーブが行われます。ただし、1分間に4回までです。

Nintendo の各プロフィールについて、ストーリーモードのセーブファイル用スロットは4つあります。メインメニューで「ストーリー」を選ぶと見ることができます（一番上）。それぞれのスロットには、章とキャラクターレベルが表示されます。どのスロットも、（＋を押したときの）画面の指示に従って削除することができます。（システム内で、またはゲームの起動時に）Nintendo プロフィールを変更すると、セーブスロットは、選択したプロフィールのものに置き換わります。起動時の Nintendo プロフィール選択ウィンドウは、システムの設定でオフにすることができます。