싱글플레이어 모드에서 게임 진행 상황은 전투가 종료되거나, 새로운 장이 시작되거나, 캐릭터의 레벨이 상승하거나, 장비를 구입하는 등 중요한 순간에 자동으로 저장됩니다. 이때 1분에 최대 4번까지만 게임이 저장됩니다.

Nintendo 프로필 하나당 스토리 모드의 저장 파일 슬롯은 4개씩 마련되어 있습니다. 주 메뉴에서 스토리를 선택하면 이를 확인할 수 있습니다(상단 첫 번째 메뉴). 각 슬롯에는 현재 진행 중인 장과 캐릭터 레벨이 표시됩니다. 각 슬롯은 + 버튼을 누르면 화면에 표시되는 안내에 따라 삭제할 수 있습니다. 플레이어가 Nintendo 프로필을 변경하면(시스템에서 또는 게임을 시작할 때) 저장 슬롯은 선택한 프로필의 저장 슬롯으로 교체됩니다. 시작할 때 표시되는 Nintendo 프로필 선택 창은 시스템 설정에서 끌 수 있습니다.